海關(guān)的基本職能包括稅收征管、出入境監(jiān)管、保稅監(jiān)管、進(jìn)出口統(tǒng)計(jì)、稽查、知識產(chǎn)權(quán)海關(guān)保護(hù)、打擊走私、口岸管理等，跨境電商涉及的就是進(jìn)出境貨物的監(jiān)督管理。2018年4月20日，中國出入境檢驗(yàn)檢疫局正式并入海關(guān)總署，并成為海關(guān)總署其中的重要部門。自4月20日起，出入境檢驗(yàn)檢疫系統(tǒng)統(tǒng)一以海關(guān)名義對外開展工作，一線旅檢、查驗(yàn)和窗口崗位要統(tǒng)一上崗、統(tǒng)一著海關(guān)制服、統(tǒng)一佩戴關(guān)銜。4月20日起，旅檢監(jiān)管、通關(guān)作業(yè)、申報(bào)查驗(yàn)放行“三個一”，運(yùn)輸工具登臨檢查，輻射探測，郵件監(jiān)管，快件監(jiān)管，報(bào)關(guān)報(bào)檢企業(yè)資質(zhì)注冊以及對外“一個窗口”辦理7個業(yè)務(wù)領(lǐng)域完成優(yōu)化整合，實(shí)現(xiàn)“一口對外、一次辦理”，并完成業(yè)務(wù)單證及印章的統(tǒng)一替換。
與跨境電商有關(guān)的是商檢。邊檢即邊防檢查，主要是對出入境人員及攜帶物品的檢查;而安檢主要是查違法物品，保障交通安全。既然是監(jiān)督管理，那么就要查驗(yàn)貨物，商檢是查質(zhì)量衛(wèi)生，具有一票否決性，不合格即無法入境。而海關(guān)查驗(yàn)是要確定申報(bào)的真實(shí)性，包括商品的歸類、價格及產(chǎn)地等信息，落實(shí)國家的稅收和貿(mào)易管制措施等情況。因此海關(guān)查驗(yàn)相對復(fù)雜，在申報(bào)環(huán)節(jié)和查驗(yàn)放行環(huán)節(jié)，只要海關(guān)關(guān)員在進(jìn)行人工審單時認(rèn)為報(bào)關(guān)單申報(bào)內(nèi)容不清楚，或有任何疑問，便可以人工操作下達(dá)布控指令，查驗(yàn)貨物是否單貨相符，對貿(mào)易類的會出具“海關(guān)查驗(yàn)通知單”，而對郵件、快件以及跨境電商等小件進(jìn)行流水線直接操作。查驗(yàn)可以分為人工查驗(yàn)和機(jī)檢查驗(yàn)，可以抽查或徹底查驗(yàn)。查驗(yàn)比例及布控的策略，海關(guān)會根據(jù)企業(yè)的通關(guān)歷史記錄、信用等級、商品的風(fēng)險水平等因素調(diào)整。2014年，“簡政放權(quán)”，海關(guān)總署廢止“報(bào)關(guān)員”資格核準(zhǔn)，只要備案即可。總之，進(jìn)口申報(bào)環(huán)節(jié)很重要，無論是哪種通道都務(wù)必“按期、如實(shí)、規(guī)范”。


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